Pondok Modern Al Muttaqin Jayapura Papua berawal dari Masjid Al Muttaqin yang berada di Buper, Waena, Kec Heram Kota Jayapura. Letaknya terbilang menyendiri dan jamaah sholat lima waktu hanya kurang dari 10 orang, apalagi Subuh. Ustadz Drs. H. Yatiman,M.Si, selaku imam masjid berinisiatif untuk meramaikan jamaah dengan menapung 3 smpai 5 anak yang tinggal di area masjid guna membantu merawat masjid dan menjadi muadzzin pada sholat lima waktu dan mereka akan mendapatkan pelajaran seperti layaknya santri dan bersekolah di sekolah formal terdekat.

Inisiatif tersebut disambut positif oleh Bapak Buhadi,SP dan Drs. Andi Irwansyah sebagai ketua dan wakil pengurus masjid AL Muttaqin. Setelah diadakan musyawarah muncullah ide mendirikan sekolah sendiri berbasis pesantren yang mempelajari ilmu agama (dinullah) dan pelajaran umum (sunnatullah) serta mempunyai akhlak yang terpuji. Maka pada tanggal 24 November berdirilah Yayasan Al-Muttaqin. Yayasan ini yang mewadahi berdirinya Pondok Modern Al Muttaqin. Pada tanggal 20 Agustus 2007 kegiatan pembelajaran MTs di Pondok Modern Al Muttaqin resmi dimulai dengan santri perdana berjumlah 15 orang yang berasal dari daerah transmigrasi yaitu Arso dan Tajak. 3 tahun berselang dibukalah jenjang MA (Madrasah Aliyah) dengan santri perdana yang melanjutkan studinya di Pondok Modern Al Muttaqin berjumlah 8 orang.